向土壤施用畜禽粪便引起的变化令人十分担忧
2008-2010年，中科院南土所在江苏及全国十几个省的调查及小区施用畜禽粪便试验表明：
1、畜禽粪便中全氮含量较90年代初增加了25％，水溶性氮占总氮含量的15％，其中66％为水溶性有机氮，畜禽粪便中水溶性氮尤其是水溶性有机氮的流失对水体的影响不容忽视。
2、畜禽粪便中全磷含量较90年代初增加了76％，与农作物氮磷养分需求比例相比，长期施用有机肥易造成土壤磷素累积，畜禽粪便施用对农田土壤磷素的流失影响不容忽视。
3、畜禽粪便中锌、铜、镉残留量较高，但与90年代初相比部分元素残留量增加较多，如铜、锌、砷、镉、铬等分别增加了388％、234％、782%、478％、426％，长期、大量的施用畜禽粪等有机肥，同样可造成土壤重金属累积与农产品重金属污染。
4、畜禽粪便中各种抗生素尤其是磺胺类抗生素检出率普遍较高，长期大量的施用畜禽粪有可能造成土壤抗性菌及超级病菌等的繁殖及扩散。
5、畜禽粪中沙门氏菌高于105 MPN/g的样品检出率达56.7%，四环素抗性菌含量普遍较高，部分商品有机肥中粪大肠菌群超标。
6、长期小区试验表明畜禽粪施用增加了土壤重金属、病原菌、抗性菌污染及次生盐渍化风险，其可溶性碳、氮、磷和兽药对水体也构成了一定的威胁，尤其是酸性土壤镉污染；畜禽粪施用可使土壤中抗生素抗性菌与病原菌数量增加0.5-2个数量级，并致土壤中同时抗4种抗生素以上的多重抗性细菌比例显著增加。
针对向土壤施用畜禽粪便产生的上述问题，应当严控有机肥安全投放。特别指出，不是有机物摇身一变就成为安全的有机肥，也不应该借化肥转型唯有机肥是瞻，而是要依土壤健康需求正确选择有机物。说千道万，离开土壤血统什么都得考虑周期。
