随着大规模养殖业的兴起，抗生素、重金属等作为兽药或饲料添加剂，大量用于畜禽的疾病治疗、生长促进等。抗生素或重金属随粪便排出体外，以此为原料的有机肥往往难以做到有效去除过量的抗生素、重金属。导致我国农田抗生素、重金属污染。因此，鸡粪不能随意使用，需要通过无害化处理后才能还田。

1、烧根，烧苗，熏棵，死棵

使用发酵不彻底的鸡粪后，当达到合适的温度湿度时，鸡粪便开始发酵，发酵产生的热量会烧苗、烂根、黑根、黄叶、黄化，严重时导致植株死亡。果园冬春两季使用鸡粪，正值根系休眠前后，一旦烧根，将影响养分积累和来年开花结果。

2、盐化棚内土壤，果实不长个

连年使用鸡粪，土壤中存留大量的氯化钠盐，平均每6方鸡粪含盐分30-40公斤，而每亩地含10公斤盐分已经严重制约土壤通透性和活性，固化磷肥、钾肥、钙镁锌铁硼锰等重要元素，造成了肥料利用率直线下降，一年不如一年，增加了投入成本50-100%。出现植株生长异常，花蕾稀落，果实不长个等减产现象，显著制约了作物产量和质量的提高。

3、滋生根结线虫

鸡粪是根结线虫的宿营地和温床，自身携带根结线虫卵的数量为每1000克100个，鸡粪中的线虫卵极易孵化，一夜之间倍增数万，土壤中的线虫在有鸡粪的地块发生率提高500%倍以上。

4、带入抗生素，影响农产品安全

鸡饲养过程中，饲料中含有大量激素，防治病害也会使用抗生素，这些都会通过鸡粪带入土壤，影响农产品安全。

5、产生有害气体，熏棵、死秧

产生有害气体，熏棵、死秧：鸡粪在分解过程中产生甲烷、氨气等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤，更严重的是产生的乙烯气体抑制根系生长，也是烧根的主要原因。

6、连年使用鸡粪，造成根系缺氧

连年使用鸡粪，鸡粪施入土壤中，在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到抑制。

7、重金属超标

重金属超标：鸡粪中含有很高量的铜、汞、铬、镉、铅、砷等重金属，还有较多的激素残留，如果不发酵处理就会造成农产品重金属超标，污染地下水源和土壤，有机物向腐殖质转化的时间较长，养分流失严重。

所以，在农业种植区，推广一些完全腐熟的、原料来源安全的、养分含量达标的、价格能被接受的有机肥成为重中之重。

有机肥品质也是天壤之别，好的有机肥可以从生物、物理、化学等方面调理土壤，稳定作物产量，提高农作物品质，改善土壤肥力等。

不合格的有机肥，或者说用某些废料做成的有机肥，价格确实便宜，但也可能污染农田，让土壤失去应有的生产能力，或者生产的农产品存在安全隐患。

有机肥料的成本要看原料来源，有些企业原料可能是高价购买的食品工业有机肥料进行加工，有的企业可能是采用某些工业废弃有机物生产有机肥，还有的企业可能采用的是环保企业的环保处理得到的有机物质，这就导致有机肥生产成本差距非常大。

对于市场上那些低廉的有机肥，除去运费和合理的利润，他们的有机肥是用什么做的呢?恐怕用秸秆是做不出来的，一旦这些非常便宜的有机肥被市场接受，那些合格的有机肥还能被施用到土壤里吗?当市场被这些不合格的，或者不能称作有机肥的有机废物占领，将会成为另一场桎梏农业发展的灾难。